辛亥革命后，1912年1月19日國民政府教育部頒發《普通教育暫行辦法通令》，北洋醫學堂改為北洋醫學校。1912年10月22日，國民政府教育部又頒發《專門學校令》“十六”號令，據此1913年（民國二年）9月北洋醫學校更名為直隸公立醫學專門學校，并開始招收本科生。

1915年學校遷至保定。1937年7月7日抗日戰爭全面爆發，學校被迫停辦。1946年1月復校招生。1949年4月更名為河北醫學院。1958年學校由保定遷至石家莊。1995年，原河北醫學院、河北中醫學院、石家莊醫學高等專科學校三校合并為河北醫科大學。

2013年河北中醫學院恢復獨立建制。2016年，教育部、國家衛生健康委員會、河北省人民政府正式簽署共建河北醫科大學協議。“十三五”期間，學校制定了“建設特色鮮明的高水平醫科大學”的發展目標。

學校秉承“崇德、敬業、謹嚴、創新”的優良校風，歷經129年，特別是改革開放四十多年來的建設發展，已成為集教學、科研、醫療為一體的綜合性醫科大學。2005年學校提出了“明德博學 行方智圓”的校訓。2015年學校確立了“學生為本 教師為先”的辦學理念。

目前，學校有兩個校區、五所直屬附屬醫院，下設19個二級學院，28個本科專業，其中國家級特色專業4個，省級特色專業4個。15個專業入選國家一流本科專業建設點，12個專業入選省級一流本科專業建設點。現有全日制在校生19787人，其中博士生、碩士生6309人，留學生418人。

學校建有基礎醫學、臨床醫學、中西醫結合、生物學、藥學、公共衛生與預防醫學6個博士后科研流動站，擁有6個博士學位授權一級學科，47個博士學位授權二級學科；擁有9個碩士學位授權一級學科，51個碩士學位授權二級學科；博士專業學位授權類別1個，碩士專業學位授權類別4個，學位授權學科已經覆蓋了生物學、基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、中西醫結合、藥學等。學校具備培養學士、碩士、博士的完整醫學教育體系。

學校系統共有教職工17000余人（含直屬附屬醫院），其中正高職專業技術人員1180人，副高職專業技術人員1813人，博士生導師363人，碩士生導師2450人。在這支隊伍中有一批學識淵博、在國內外享有盛譽的專家教授，包括中國工程院院士4人，國家杰出青年科學基金獲得者1人，長江學者3人，全國杰出專業技術人才1人，國家高層次人才特殊支持計劃（“萬人計劃”）入選2人，國家百千萬人才工程入選7人，享受國務院政府特殊津貼專家46人，國家督學1人，全國模范（優秀）教師5人，科技部創新人才推進計劃中青年科技創新領軍人才1人，燕趙學者3人，河北省高端人才9人，省管優秀專家42人，有突出貢獻的中青年專家73人，河北省政府特殊津貼專家29人，河北省高等學校教學名師20人，河北省“百人計劃”入選2人，“三三三人才工程”一層次入選14人，河北省模范（優秀）教師27人。

學校建有5所直屬附屬醫院，分別為河北醫科大學第一醫院、第二醫院、第三醫院、第四醫院和口腔醫院，其中4所為三級甲等綜合性醫院，1所為三級專科醫院，編制床位9252張。根據學校各專業培養目標要求，學校共建設有52所校外實習、實訓基地，承擔學校各本科專業實習、實訓的教學任務。

學校不僅是河北省的醫學教育、醫療救治中心，也是河北省的醫學研究中心。設有國家重點學科1個（中西醫結合基礎）、國家重點培育學科1個（法醫學）、國家中醫藥管理局重點學科1個（中西醫結合基礎），國家級臨床重點專科16個，河北省“雙一流”建設學科4個，河北省國家重點學科培育項目支持學科1個，河北省強勢特色學科4個，河北省重點學科12個。截至目前，我校已建成國家創新人才培養示范基地1個，國家衛生健康委員會重點實驗室1個，省部共建（教育部）重點實驗室2個，教育部技術創新中心1個，省級協同創新中心4個，省新型智庫1個，省哲學社會科學研究基地1個，省教育廳人文社會科學重點研究基地3個，河北省發改委工程研究中心（工程實驗室）5個，省級工程中心1個，河北省學科重點實驗室35個，省級中醫藥研究室4個，省級技術創新中心4個，省級國際合作研究平臺1個，省級臨床醫學研究中心16個，河北省科普示范基地3個。學校獲評2021-2025年“全國科普教育基地”，獲批全國首批“大思政課”實踐教學基地，獲評2021年度河北省公民科學素質教育示范單位。此外，學校還承辦編輯出版了國家級及省級學術刊物8種。

近年來，學校不斷加強國際交流與合作，已成為河北省對外文化、學術交流的重要窗口。先后與日本、韓國、美國、比利時、俄羅斯、愛爾蘭、英國等12個國家的33所醫學院校和科研機構建立了密切的協作關系，聘請了百余名外國專家擔任學校的名譽職務，有留學生418人在校學習。