學校1958年開始招收五年制本科學生，1978年招收碩士研究生，是全國首批碩士學位授予單位，具有博士學位授予權。現有臨床醫學、基礎醫學、藥學、生物醫學工程一級學科博士點和臨床醫學、醫學技術專業學位博士點，臨床醫學、護理學、中藥學、生物學、生物醫學工程、基礎醫學、中西醫結合、藥學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、公共管理等11個一級學科碩士點，臨床醫學、生物醫學工程、口腔醫學、護理、藥學、公共衛生、應用心理等7個專業碩士學位授權點；設有臨床醫學和藥學一級學科博士后科研流動站。學校位列ESI全球高校綜合排名第70位，臨床醫學、藥理學與毒理學、生物學與生物化學、分子生物學與遺傳學、材料科學、化學、神經科學與行為學、免疫學、工程學、環境與生態學等10個學科進入ESI全球排名前1%，其中臨床醫學、藥理學與毒理學進入前1‰。擁有1個全國重點實驗室、1個國家工程技術研究中心、1個國家發改委工程研究中心、1個省部共建國家重點實驗室、1 個國家臨床醫學研究中心（眼科疾病）、2個教育部省部共建協同創新中心、1個國家藥監局重點實驗室、2個國家級國際科技合作基地、1個國家級中醫藥平臺和41個省部級科研平臺。1個學科確定為省登峰學科；有2個省優勢特色學科，4個省一流學科A類，6個省一流學科B類，2個省重點建設高校優勢特色學科，2個省“重中之重一級學科”，10個省高校重點學科。

學校堅持以社會需求為導向，以百姓滿意為宗旨，著力培養有情懷有自信、能做事能創新的優秀醫學人才。學校設有30個本科招生專業，2個“5+3 ”本碩一體化專業，1個臨床醫學中外合作辦學專業。有在校本專科生16040人（全日制，不含獨立學院——溫州醫科大學仁濟學院），研究生8121人（含博士研究生841人），學歷教育留學生648人。學校已形成從本科生到碩士生、博士生及博士后，從全日制到成人教育、留學生和港澳臺學生教育全方位、多層次的人才培養體系。人才培養質量穩步提升，臨床醫學類畢業生參加國家執業醫師資格考試通過率一直位居全國前10%。據省教育考試院最新數據，我校2020屆畢業生畢業三年后就業競爭力綜合評價指標均列浙江省普通本科院校第一，其中有24項考核指標列浙江省普通本科院校第一。

學校現有教職員工及醫護人員15000余人（含附屬醫院），其中具有高級專業技術職務2400余人。校本部現有專任教師1853人，其中具有正高級專業技術職務502人，具有副高級專業技術職務601人，博士學位1470人。有中國工程院院士1人、加拿大健康科學院院士2人、國家“杰青”項目獲得者3人；一批優秀人才入選“國家萬人”、科技部中青年科技創新領軍人才、省特級專家等，一批教師獲國家科技進步獎、光華工程科技獎、何梁何利基金科學與技術獎、全國優秀教師、全國師德標兵、全國三八紅旗手等榮譽。擁有教育部創新團隊1個、全國高校黃大年式教師團隊2個、科技部高等學校學科創新引智基地（111基地）2個。學校獲評省重才愛才先進單位。

學校擁有國家級一流本科專業建設點18個、國家級特色專業建設點4個、國家專業綜合改革試點項目1個、教育部“卓越醫生教育培養計劃”試點項目5個、國家級人才培養創新實驗區1個、國家級實驗教學示范中心2個、國家級實踐教育基地1個、國家臨床教學培訓示范中心1個、國家虛擬仿真實驗教學中心2個；國家級一流課程23門、國家級精品資源共享課程5門、國家級雙語教學示范課程1門、國家級來華留學生英語授課品牌課程2門、教育部首批課程思政示范課程1門，全國首屆優秀教材二等獎1本（主編），全國教材建設先進集體1個；首批國家級虛擬教研室建設試點2個，國家級教學團隊2個、國家級教學名師3人，教育部課程思政教學團隊1個，教育部課程思政教學名師1人，國家級教學成果二等獎7項（主持）和國家級教學成果獎一等獎1項（第二參與單位）。

學校承擔國家級科研項目1600余項，其中包括國家重點研發計劃等重大重點項目60余項。科研成果獲得省部級以上獎勵190余項，其中獲國家科技進步獎一等獎1項，國家科技進步獎二等獎5項，國家技術發明獎二等獎2項，教育部科技獎一等獎1項、二等獎3項，中華醫學科技獎一等獎5項，中國藥學會科技獎一等獎1項，浙江省科學技術獎重大貢獻獎1項，浙江省科學技術獎一等獎17項，教育部人文社會科學優秀成果獎一二等獎各1項、三等獎2項，全國教育科學研究優秀成果獎二等獎2項，浙江省哲學社會科學優秀成果獎20項。

學校積極推進教育國際化，先后與國（境）外170多所高校和教育科研機構建立了良好的交流合作關系，其中包括20余所世界百強大學，在學生海外交流和聯合培養、教師學術交流和科研合作、中外合作辦學、來華留學生教育等方面開展了實質性的交流合作。現有中美眼視光學博士研究生教育項目、中瑞臨床醫學博士研究生教育項目、中泰護理學碩士學位教育項目與中韓藥學專業博士學位教育項目等多個中外合作辦學項目。與世界百強名校阿爾伯塔大學合作舉辦溫州醫科大學阿爾伯塔學院，是目前我國醫學院校中外合作辦學層次最高的機構。與波蘭盧布林醫科大學合作舉辦我國首個臨床醫學教育境外辦學項目。與紐約州立大學視光學院合作獲批教育部首個“中文+醫學”項目。入選國家留學基金委“青年骨干教師出國研修項目”實施院校、“浙江省國際化特色高校”。

學校現有3個校區，總占地面積約1436畝。圖書館館藏紙質文獻208萬冊、電子文獻99萬冊。學校主辦、編輯出版5種學術期刊、1種學術報刊，其中學術雜志《Eye and Vision》進入SCIE學術期刊，3種期刊入選“中國科技核心期刊”，《中華眼視光學與視覺科學雜志》為中華醫學會系列雜志。學校擁有5所附屬醫院，均為三級甲等醫院，同時設有29所非直屬附屬醫院/教學醫院。附屬眼視光醫院、附屬第一醫院、附屬第二醫院保持中國醫院科技量值評價排行榜綜合百強，附屬眼視光醫院穩居全國眼科專科醫院第1名。

學校秉持“仁肅勤樸、求是奮發”的校訓，堅持特色立校、人才強校、文化興校，逐漸形成了“以特色學科引領和帶動全面發展，以推進國際化進程提升辦學水平，以醫療和產學研一體化服務于地方經濟社會發展”的辦學特色，探索出了一條地方高等院校的強校之路。2023年，學校綜合實力位列武書連中國大學排行榜第93位。

學校的發展定位是：以本科教育為主，積極發展研究生教育；以醫學學科為重點，多學科協調發展；立足浙江，服務全國，面向世界；特色鮮明、國內一流、國際知名的高水平醫科大學。