首任系主任由中國(guó)科學(xué)院學(xué)部委員(院士)、 中國(guó)科學(xué)院物理研究所所長(zhǎng)施汝為擔(dān)任。先后還有馬大猷、嚴(yán)濟(jì)慈、錢(qián)臨照、朱洪元、曾澤培、王守覺(jué)、章綜、李蔭遠(yuǎn)、張宗燧等著名科學(xué)家在物理系任職、任教，他們?yōu)槲锢硐档陌l(fā)展奠定了基礎(chǔ)。1964年，與生物物理系、地球物理系、物理教研室合并組成物理系。1978年系調(diào)整時(shí)物理系保持半導(dǎo)體物理與器件、低溫物理、磁學(xué)、固體發(fā)光、光學(xué)等物理專(zhuān)業(yè)。

  目前物理系有物理學(xué)、應(yīng)用物理學(xué)（凝聚態(tài)物理方向，微電子學(xué)與固體電子學(xué)方向),光信息科學(xué)與技術(shù)三個(gè)本科生專(zhuān)業(yè)和凝聚態(tài)物理、 光學(xué)、 微電子學(xué)與固體電子學(xué)和物理電子學(xué)四個(gè)博士點(diǎn)。其中凝聚態(tài)物理、光學(xué)是國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科。物理系是國(guó)家科技人才培養(yǎng)基地和中國(guó)科學(xué)院博士生培養(yǎng)基地。
　　物理系現(xiàn)有教職工92人，其中教授23人(院士1名，博士生導(dǎo)師15名)； 副高級(jí)職稱(chēng)30人。為本科生、研究生開(kāi)設(shè)了物理學(xué)科從基礎(chǔ)到專(zhuān)業(yè)一系列課程。
　　40多年來(lái)，物理系為國(guó)家培養(yǎng)高級(jí)專(zhuān)門(mén)人才 3800 多名（其中研究生200多名）。畢
　　業(yè)生遍及全國(guó)，已成為各個(gè)崗位上的骨干力量。他們中有中國(guó)科學(xué)院院士、第三世界科學(xué)
　　院院士趙忠賢，中國(guó)工程院院士王震西、陳立泉、許祖彥，還有著名企業(yè)家和國(guó)家政府部
　　門(mén)的負(fù)責(zé)人。 目前在校本科生348名，碩士研究生197人，博士研究生89人，代培研究生
　　195人。
　　現(xiàn)有中國(guó)科學(xué)院量子信息重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、安徽省光電子科學(xué)與技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室， 超導(dǎo)研究所、光子技術(shù)研究所、強(qiáng)激光技術(shù)研究所、微電子學(xué)實(shí)驗(yàn)室、 激光生物實(shí)驗(yàn)室等科研機(jī)構(gòu)。 1996年以來(lái)已承擔(dān)了國(guó)家重大基礎(chǔ)項(xiàng)目，國(guó)家自然科學(xué)基金重大、重點(diǎn)項(xiàng)目，國(guó)家863高技術(shù)項(xiàng)目，中科院創(chuàng)新工程重點(diǎn)項(xiàng)目以及國(guó)家自然科學(xué)基金面上項(xiàng)目的科研任務(wù)。郭光燦教授擔(dān)任國(guó)家重大基礎(chǔ)項(xiàng)目（973）的首席專(zhuān)家。1996年以來(lái)已取得科研成果20多項(xiàng)，獲省部級(jí)科研獎(jiǎng)5項(xiàng)，發(fā)表學(xué)術(shù)論文1000多篇，其中SCI、EI收錄論文500多篇。