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南京中醫藥大學繼續教育學院、高等職業技術學院是學校下轄的辦學實體，又是學校繼續教育和高等職業教育的職能部門，兩院全署辦公。學院坐落在漢中門校區我院現有教職工1200人。

我校繼續教育始于20世紀50年代，即我校前身的江蘇省中醫進修學校，至今已有半個世紀的歷史。經過幾代人的辛勤耕耘，尤其是改革開放以來，在學校黨委和行政的領導下，各項工作成績斐然。目前，辦學形式已涵蓋夜大學、函授、成人脫產三類成人高等學歷教育，承擔師資進修以及受有關主管部門委托舉辦各種專業證書教學班、進修班、培訓班、自考班等非學歷教育任務。分別在江蘇省中醫學校、海安、連云港、無錫、浙江金華、河南鄭州等地設立了教學點。現有6個專科專業，6個本科專業，在校成人學歷教育學生3500余人。

我校于2002年12月成立了高等職業技術學院，實行與繼續教育學院兩塊牌子一套班子的管理體制。設中藥學、護理學（中西醫結合）、藥學三個本科專業，2003年起面向全省招生，招生對象為醫、藥、護理、化工類中專應屆畢業生（亦稱“對口單招”）。考試錄取辦法根據國家招生計劃，中藥、護理專業按省定條件采取推薦加綜合考試、藥學專業由省進行統考，學校擇優錄取、省招辦審批的辦法。學生在校期間按照規定享受普教學生同等待遇，凡修完規定課程，成績合格，符合學士學位條例者授予學士學位。現學生已劃入各有關學院管理。

2004年4月19日學校黨委（南中醫大委組（2004）21號文）決定成立成人教育學院、高等職業技術學院黨總支。現下設兩個支部：繼續教育學院院教工支部、學生支部。

2009年學院更名為南京中醫藥大學繼續教育學院、高等職業技術學院。

招生對象和規模
(一)堅持四項基本原則，擁護改革開放政策，無違法行為;主要面向大專、中專和應屆高中畢業生,具有高中階段同等學歷(技校、職高)基礎較好、成績優良者亦可報名。
(二)中藥學和藥學專業計劃在江蘇、安徽、山東及周邊地區招生200人,名額有限，其他地區可適當調劑部分名額。 

專業設置==
     藥學
    中藥學
    會計學

收費標準
學費4600元/年,住宿費1500+200元/年（其中200元為水電費）,書本費500元/年（多退少補），保險費200元/年，體險費100元，臥具費350元（不需要臥具的學生也可自帶）。
    報名須知
【報名時間】每年5月-9月
【報名方式】憑本人身份證、畢業證書或同等學歷證明來我校報名，外地學員可通過本網站或電話報名,報名所需材料為近期免冠一寸照片6張,本人身份證、畢業證原件和復印件。我校在收到學生報名表15日內予以聯系。經我校審核合格的學生，應根據要求在規定的時間內來我校報到并辦理入學手續。